...bisogna semplicemente distruggere il DB di migrazione e far girare di nuovo il configuratore.

Per fare cio' bisogna usare gli strumenti di SQL Server da un lato e lanciare manualmente il configuratore dall'altro.
In particolare non serve reinstallare il DMM!!!
Basta semplicemente uscire dal DMM, andare nella sua cartella, entrare nella sottocartella "configwizard" e lanciare il file Microsoft.Crm.DNClient.Config.exe".